Avec le Déluge, des animaux auraient dû survivre, poissons et oiseaux par exemple.

A noter que le récit n’indique pas que les poissons sont morts suite au Déluge. Et on peut trouver une certaine logique à ce que les oiseaux aient besoin d’un endroit où se poser pour survivre, d’où le fait que Noé les embarque dans l’arche.

Ceci est une réponse qui cherche à montrer la cohérence interne du récit. Par ailleurs, il faut rappeler que le récit n'a pas l'ambition de décrire les choses comme elles se sont passées.